Le Conseil Scientifique (CS) du PNPS est composé d’une quinzaine de membres nommés par l’INSU, avec à sa tête un binôme directeur/président. Le directeur est nommé par l’INSU et le président est élu par les membres du CS. Une partie du CS est renouvelé́e tous les 2 ans et un renouvellement assez important a lieu lors de chaque changement du binôme directeur/président.
 Les attributions du CS comportent l’affichage des priorités scientifiques, l’évaluation annuelle et le financement en conséquence des demandes d’opération, une représentation dans différents comités, instances voire autres programmes nationaux, CSAA, CNES (groupe astro)... Lors des réunions plénières, un représentant de l’INSU et du CNES sont invités.
 Deux remaniements partiels du CS du PNPS ont eu lieu en 2020 et fin 2022. La durée du mandat des nouveaux membres est portée à 5 ans, et la composition actuelle du CS est la suivante:
 (1): membres du comité d'attribution de temps sur les télescopes nationaux de 2-m (T193 de l'OHP et TBL)
(2): membre du CS du T193 de l’OHP
(3): membre du CS du TBL
(4): membre du CS du Pôle Thématique National JMMC
(5): membre du groupe Astro du CNES
(6): membre du CS de l’ASOV
(7): membre du COPIL du Pôle Thématique National de diffusion de données de physique atomique et moléculaire
(8): membre du comité de suivi des instruments de l'ELT
(9): membre du COPIL du Pôle Thématique National de diffusion des modèles de référence pour la matière interstellaire
(10): membres du comité d’experts du Thème Transverse Exoplanètes
(11): membre du comité de suivi de GRAVITY+
(12): membre du groupe ASTRONET
(13): membre du Programme Equipements Prioritaires de Recherche dans les Stratégies d’exploration "Origines des planètes et de la vie dans l’Univers"
(14): membre de l'Action Spécifique "Numérique"
(15): en charge du site web du PNPS